民国二十年（1931年），13岁的南怀瑾小学毕业考试倒数第一，只得到肄业证书。父亲要求去学木雕或去商店做学徒，南怀瑾不肯，只好在家自修，自修的三年里，父亲还给南怀瑾请过博古通今的老师叶公恕。
民国二十四年（1935年），17岁的南怀瑾和姨表姐王翠凤结婚，并有了长子南舜铨。同年又离开温州，前往浙江国术馆习武，并于浙江国立艺术院学习国术训练员专修班第二期毕业、中央军校政治研究班第十期毕业、金陵大学研究院社会福利系肄业，并获得了武术教官的资格。
民国二十五年（1936年），南怀瑾回家度暑假，妻子后来生下次子南小舜。
民国二十六年（1937年），时值抗日战争爆发后，20岁的南怀瑾只身入川，投笔从戎考入中央军校政治研究班第十期，毕业后返蜀执教进入中央军校军官教育队。
民国二十八年（1939年），南怀瑾自任大小凉山垦殖公司总经理兼地方自卫团总指挥，屯垦戍边。后又被调回任军校政治教官。其间，曾在华西坝金陵大学研究社会福利学，以期服务社会大众，潜心于佛典。
民国三十一年（1942年），南怀瑾辞去中央军校教官之职，弃隐灌县（今都江堰市）灵岩寺，结识青城派剑术高手王青风，其后，南怀瑾为求深研佛法，便悄然离开成都，遁迹峨眉山中峰绝顶之大坪寺，闭关修持，远游康藏。
民国三十二年（1943年）春，南怀瑾结识了袁焕仙，晤谈之下，遂为忘年之交。禅门虚云老和尚莅临重庆，主持护国息灾法会，袁焕仙闭关期满，袁焕仙携南怀瑾赴渝礼请虚云老和尚回到成都灵岩寺成立了维摩精舍弘法，南怀瑾追随左右，遂拜门墙，成为维摩精舍开山首座弟子，潜心修道参禅，多有会心之处。
民国三十四年（1945年），南怀瑾前往四川、西康、西藏参访各派宗教，其间为了修学，在峨眉山中锋大坪寺闭关修行三年。此后的一段时间，南怀瑾以修行的姿态到处寻师，中途不断吸取各家知识，逐渐形成对儒、释、道的见解。
民国三十六年（1947年）返回故乡乐清，不久，归隐于杭州三天竺之间。后又在江西庐山天池寺附近清修。 1955年，南怀瑾在窘困的处境下，出版了《禅海蠡测》一书，却一本都卖不出去。不久，便举家迁到台北龙泉街，住在贩夫走卒喧嚣终日的菜市场附近，在这里，南怀瑾常年右手执笔写书，左手抱着幼子，双脚还要不停地推着摇篮，以防尚在襁褓中的婴儿哭闹。困顿中的南怀瑾煮字疗饥，凭着惊人的记忆力完成了《楞严大义今释》、《楞伽大义今释》两本力作，但在书店堆放在角落里，少人购买。
20世纪60年代起，台湾官方推动中华文化复兴运动，此举在民间激起强烈的文化乡愁。1960年，胡适读了《楞严大义今释》之后表示赞许，南怀瑾逐渐让人知晓，弟子渐多，并被蒋介石和蒋经国父子俩邀请在台湾三军驻地巡回演讲。
1976年，南怀瑾出版的演讲辑录《论语别裁》，趁势而热，多次重版，流行于华人文化圈。
1994年2月11日，南普陀寺禅堂落成之时，南怀瑾应妙湛长老之邀来厦门南普陀寺主持南禅七日-生命科学与禅修实践研究禅学讲座。此次活动是南怀瑾以现代科学精神结合传统佛教禅七形式所进行的一次修持实践，在7天的禅修中，由南怀瑾亲自讲解禅修要义，并指导全体学员进行禅修实践，还将毕生修学经验与心得倾囊相授，其“南禅七日” 的视频至今在网络上广为流传。 1945年，离藏后赴昆明，讲学于云南大学，后又讲学于四川大学。
1949年春前往台湾，相继受聘于中国文化大学、辅仁大学和国立政治大学讲学。
1949年2月，南怀瑾初到台湾，就遇到一家小旅馆失火，有个来自吉林长春的姑娘杨向薇，成了南怀瑾收留的难民之一，后来二人成婚，婚后的南怀瑾由于迫于生计，同温州老乡一起做船运生意，便三条船凑成“义礼行”公司。国民党从舟山撤退时，占用了义礼行公司的船，南怀瑾血本无归，一夜之间负债累累。两女两子先后出生了，不得不栖身于基隆海滨一个陋巷里，挤在瓦可漏月、门不闭风的小屋里。
1963年，台北中国文化大学创办人张其昀聘请南怀瑾担任教授并兼礼学院院长，南怀瑾接受了教授聘书，附加条件是不到学校上课，由研究生到其家受教。随后，南怀瑾在台北辅仁大学开设《易经》课程，结果学生增多不少，绝大多数是日后台湾政坛要人、文化、财经界人士。
1969年，南怀瑾创立“东西精华协会”，后创立“老古文化事业公司”、十方禅林”和“十方丛林书院”。
1971年，南怀瑾创办《人文世界》杂志。
1984年，南怀瑾为避祸于1985年移居美国，并在弗吉尼亚成立“东西学院”。1983年王升遭蒋经国解职，解散刘少康办公室。王升曾跟随南怀瑾学习佛教，因此据传蒋经国怀疑南怀瑾可能在台湾将成为新政学系的新领袖。
1988年，南怀瑾返抵香港定居，期间，时任中共温州市委书记的董朝才前去造访，希望南怀瑾倡导、推动孙中山《建国方略》中提及的金温铁路，南怀瑾慨然应允，成为金温铁路的催生者，开始筹资兴建这条中国第一条合资的铁路。
1990年，泰顺、文成水灾，南怀瑾捐资救患，并在温州成立“南氏医药科技基金会”、“农业科技基金会”，且为厦门南普陀寺修建禅堂。
1992年6月16日，南怀瑾为大陆和台湾两岸密使亲笔起草《和平共济协商统一建议书》，为两岸和谈奠定了基础。 11月18日，浙江金温铁道开发有限公司正式挂牌成立，南怀瑾担任公司董事长兼总经理。12月18日，金温铁路正式开工。
1998年6月11日，金温铁路开始通车。 在通车前夕，南怀瑾基于“功成身退，还路于民”的想法，将股权转让给浙江省和铁道部，金温铁路现属上海铁路局管辖。
2006年后，南怀瑾移居长住江苏省苏州市吴江庙港并在苏州吴江区创建“太湖大学堂”，旨在传播中国传统文化，同时与现代自然科学、人文科学相结合，发展认知科学与生命科学研究，后建立光华奖学基金会，资助多间中国大学，如北京大学等。 民国二十年（1931年），13岁的南怀瑾小学毕业考试倒数第一，只得到肄业证书。其父要求去学木雕或去商店做学徒，南怀瑾不肯，只好在家自修，自修的三年里，其父还给南怀瑾请过博古通今的老师叶公恕。
一九四九年（民国三十八年），国民党政府迁台湾后，袁焕仙在台湾讲《楞严经》，聚众讲学弘法，创立老古文化公司，出版佛教典籍的南怀瑾居士，就是袁焕仙老居士座下的上首弟子。
张尚德教授，1932年出生于湖南湘潭，1962年台湾大学哲学研究所毕业，为台湾地区屈指可数的国学和佛学专家。青年军二零六师小兵，台湾大学哲学研究所毕业。曾任中国文化大学、中央大学、政工干校、警官学校副教授、教授、中国哲学会总干事、国民大会英文机要秘书、大陆中华孔子学会名誉副会长、北京中国文化书院导师、贵阳中国文化书院名誉院长、达摩书院创办人、达摩出版社发行人、中国文化哲学大师南怀瑾创设的十方丛林书院高研部主任，为南大师五十多年的老学生。 讲学参禅设帐收徒 《南禅七日》是当年南怀瑾在厦门南普陀寺为僧人们打禅七的时候，记录下来的录像的名称，把这七天的内容全部收录了下来，方便更多的人可以受教和改善画质，南怀瑾于1993年在闽南佛学院新落成的禅堂内主持第一场禅七，重新整理版本，共21集。《南禅七日》是生命科学的实验。
1949年，南怀瑾辗转赴台，在家设帐授徒，讲授中国古籍经典。去台初期，在台北设立“十万禅林台北道场”，成立“东西精华协会”，另在新竹县设“十万禅林峨嵋道场”，教导众生打禅。后来在台北、北投、汐止、高雄等地多次举行禅七法会。 出版实体文学，倡导复兴中华文化 1966年，南怀瑾配合台当局，推动中华文化复兴运动，倡导伦理道德。他和钱穆、胡适、林语堂、牟宗三、唐君毅等人在台港两地往来阐述传统文化。1969年南怀瑾成立中西精华协会。1977年，南怀瑾开始在台湾成立老古出版社，并开设“老古文化事业公司”、“十方书院”等文教机构，传扬文史哲佛学说，提升民众文化水平，尤其是首部文学作品《论语别裁》的出版，轰动全岛。
80年代后期，南怀瑾移居香港。1990年因温州水患，南怀瑾建立南氏医药农业科技奖励基金会。
2004年，南怀瑾移居上海。2006年，创立太湖大学堂。 据说曾经有位命理大师根据南怀瑾的生辰八字，推算以后得出一个结果，说是此人：“身无分文、富可敌国、手无金印、权倾天下”。说在南怀瑾身上有一股“王”气和“霸”气，但不是真正的王。实际上南怀瑾就是一位“王”，而且普通观念里的“王”对南公来讲还配不上，我们姑且称之为“素王”或者“空王”都不太过份。1918年，南怀瑾诞生于浙江温州乐清的一个世代书香之家，从孩提时起即接受严格的传统蒙馆教育。到十七岁时，南怀瑾除精研儒家四书五经外，涉猎已遍及诸子百家，兼及拳术剑道等多种，同时苦心研习文学历史、书法、诗词曲赋、医药卜算、天文历法诸学，每得其精髓而以为乐，从小就是位孜孜以求的好学青年。正应了《论语》里所说的“古之学者为己、今之学者为人”这句话，南怀瑾虽说有着深厚的家学渊源，但是自小其祖母、父辈们并没有要求这位“南门独子”将来能够显达一方或者富贵荣耀，相反其祖母还对其说：“读书可以，但不要做官”，其父更是要求很低，只要能够养活自己平安度过一生，即使不读书也可以。
这些看似很平常的家教，对南怀瑾生平，一贯看淡名利与浮华，应该是起着积极的影响，使得后来南怀瑾在正处于“风华正茂书生意气、跃马边陲一呼百应”之时，却能幡然醒悟，此种能力非一般人所能及也。因此后来曾经有人，向南怀瑾提出应如何教育孩子的问题时，南怀瑾回答的只有四个字“卓尔不群”其含义就是要根据每个人不同的秉性和天赋进行“因材施教、因势利导”。
南怀瑾作为一代大师，集“经论三大教、出入百家言”纵横古今、博融东西之学于一身，却连个像样的文凭也没有，更有甚者、曾经有许多国际名牌大学，要冠以南怀瑾为名誉教授、博导之类的荣誉都被一一谢绝。南怀瑾宛然笑曰：“我才不受这个骗”。因此一些所谓科班出身的学者，往往藉此对南怀瑾的著述和学术产生疑问，并吹毛求疵者亦有之。当然对于著述中的一些“硬伤”之处，根据朱清时教授的回忆，南怀瑾都能及时负责的予以针砭和纠正。故鲁迅南怀瑾有句名言：“肯以本色示人者，必有禅心和定力，所以伪名儒还不如真名妓”。
南怀瑾正是以其一贯的本色示人。南怀瑾在书中说过，中国传统文化有三道之学：君道、臣道、师道。在上古，夏、商、周三代，作帝王或者诸侯、士大夫们都有身兼（作之君、作之师、作之亲）的任务和标榜，而师道超越以上两者而独立存在，是在周朝中叶以后的事情。这里是其明显的“分水岭”，应该是（公天下和家天下）本质意义的不同。 从领略部分南怀瑾学术研究的成果开始，谈谈其现实价值和意义。
自从跟着南怀瑾重新认识《论语》；让孔子更近于真实、平凡和可爱。《论语》作为孔子和他的学生在日常学习生活中的言语对话，以及处理时务的记录，共分上论和下论。曾经在几十年前有人提出《论语》的编排次序有问题，想邀请南公怀瑾南怀瑾一起参与重新排序。后南怀瑾经过仔细反复的研究后，发现并不存在次序排列的问题，相反它的连贯性很具有“艺术性”，因而也就及时的制止了一场“闹剧”。 在南怀瑾的自述里，曾在十五年中讲过三四次《论语》。南怀瑾说：“至于孔子学说与《论语》本书的价值，无论在任何时代、任何地区，对它的原文本意，只要不故加曲解，始终具有不可毁的不朽价值，后起之秀，如笃学之，慎思之，明辨之，融汇有得而见之于行事之间，必可得到自证”。
自五四新文化运动后，打倒了被南怀瑾喻为“粮食”店的孔门学问后，作为现代的中国人在为人处世方面，便失去了正确的依沽。根据南怀瑾的指点，南怀瑾认为孔家店被打倒其实跟它的“伙计”有关，作为“老板”的孔子是很冤枉的。也可以说孔子曾经被“曲解”了几千年，正如宋儒陈同甫说的：“夫道之于天下，无本末，无内外。圣人之言，乌有举其一而遗其一，是圣人犹与道为二也”。
南怀瑾正籍于此，通过以经解经、经史合参的方法，加以个人的修证所得，通过《论语别裁》为绝大多数人还原了平凡、可爱和真实的孔子形象。母庸置疑孔子是得了道的人，南怀瑾对于形而上本体的认识清楚的很。
孔子对曾子说：“吾道一以贯之”实际就是说：我没有其他的，只有对本体的认识和起用罢了。而曾子对其他门人却说：夫子之道、忠恕而已矣。因为同学们程度还不够，所以只能说具体的认识和做法，譬如禅宗神秀大师做的偈子： “时时勤拂拭、不使惹尘埃”是一样的。南怀瑾正是通过这种对比引用的方法，把《论语》的精神朴素的展现出来，诚如陈同甫南怀瑾说的“用明于心，汲汲于下学，而求其心之所同然者，功深力到，则日之上达，无非今日之下学也”。此话的意思，当然也可理解为：“致知在格物、物格而后知至”。
从人、事、物的应对到心性的炼达，直至到达“仁”的境界，后世儒家称之为“天人合一”，南公怀瑾说这是我们中国文化本有的儒家道理。那么儒家的三纲（明德、亲民、至善）和八目（格物、致知、诚意、正心、修身、齐家、治国、平天下），拿佛家来讲三纲就是：悟道、起修做善事、最后大彻大悟。八目等于是：布施、持戒、忍辱、精进、禅定、般若。
这个八目就是大方向的外用之学，而贯穿于儒家思想的整体核心部分是“心性”之学，而即使在“明心见性”以后，起修也是一辈子的事情，因此在曾子临终时说：“启予足！启予手！战战兢兢，如临深渊，如履薄冰。而今而后，吾知免夫，小子！”。南怀瑾一辈子作学问，把对经典的导读，升华至对个人“心、性”的培养和修身上，扩至对国家、民族和整个人类命运的关怀上，以期开创新的人文格局。这种纳百川于大海的力挽狂澜气度，是一般的学者所忽略的核心部分，也是无法企及的高度。如果没有真修实证的功夫，和“普贤菩萨的行愿” 愿力，是办不到的。也正因此他把中国儒家传统文化思想统合起来、构成了孔门学问的基本道理“内圣外王”。
基于这点南怀瑾先后讲了《原本大学微言》、《孟子旁通》等；完成了儒家系列的学术研究，并在内涵和外延上反复作了比较和论述，使其在学问研究方面，始终保持不变的中心思想；所谓“天得一而清、地得一而宁、文王得一而天下平”让读者犹如醍醐灌顶、茅塞顿开之感。原来在中国固有的人文领域里面，本来就包含了对宗教、哲学的信仰和实践方法，儒家和道家在秦汉以前本来就是一家。包括诸子百家等等，构成了中国的整个人文哲学体系内容。
南怀瑾说，一个国家被灭掉，还可以复国，但是一旦文化衰亡就万劫不复了。中国文化最早出现断层是在秦末以后，而所谓的焚书坑儒的罪过还并不大，关键是西楚霸王一把火烧了“阿房宫”。一直到汉武帝时期，这段时间是断层的。而后来发展出来的儒家思想，有相当内容是董仲舒“独尊儒术”以后，汉儒们经过考据而有所增废，后被称谓（汉学）的一部分，到宋明理学发展起来的时候，孔子就已经被误解的很深了。而这种以“平时静坐谈心性、临危一死报君王”的“三纲五常”的腐儒思想和误解，并以“朱、程”为代表的儒学释义和理学思想，一直统领着历代王朝上千年之久。法久弊生、自然就成了后世被打倒的前因；结果好端端的孔圣人便被抬出来“鞭尸”了。
在南怀瑾的《论语别裁》里，孔子的教育方法和对象是因人而异的，孔子对教育时机的洞察和把握也是“手眼通天”和多变，并且孔子在日常起居生活中，显得活泼而又有生机，譬如：“子之燕居申申如也、夭夭如也”并不像后世理学家们，所表现的那么严肃和不通人情，以致把孔子塑造成不食人间烟火的“圣人”，而最终把儒家学问推向了“灭门”之路。南怀瑾这种不带任何个人偏见的导读方法；根据自身修证的经验；运用经典的前后对照与经史合参并举，把儒、释、道三家作了充分的对比和互通，此引人至胜的学问手法，着实开创了当今“述而不作”的新风。这种能让现代普通的中国人，看了后能够接受的《论语》；和儒家思想的普世教育价值方面 ，以及在继承传统经典的贡献方面，真能与鸠摩罗什法师的功德相媲美。
南怀瑾与其独特的智慧功德和传统文化功底，为我们开启了通往经典宝库之路，主要的目的无非是百川归大海，让现代的国人有一个正确的人生价值依沽，只要是真实的东西；看起来一定是平凡的；而正因为它真实和平凡才显得可爱。假如能对读者了解“心性”方面更有帮助的话，那它的价值和意义就更深远了。 用佛法的真谛来实践人生的价值，阐析人性的诟病与高贵。南怀瑾生前常感叹，最怕接触学佛的人；学了点佛以后，一看满脸的佛相、满嘴的佛话。南怀瑾曾经公开的说自己没有资格称谓佛教徒，从这种谦虚里我们发现，其实南怀瑾担心的是，把学佛变成了一种“形式和迷信”。
早在五十年代，南怀瑾身居台湾正处于最穷迫的时候，书就了两部著作《楞严大义今释》和《楞伽大义今释》，后来南怀瑾也自嘲为“二楞子”。南怀瑾早在二十五岁时，就在川北禅门大德袁祖焕仙南怀瑾坐下悟道，后闭关于峨眉山大坪寺，通阅大藏经典。旋即远走康藏，遍访有成就者，应该说此时，已经确立了一生的目标和方向。后来来台湾做船运生意，在兴隆的时候，每天席开连桌，招待四方来客。却因为一次劫难，而一夜之间沦为落魄游子。这种人生的巨大反差，非但没有击垮南怀瑾，反而像“天赐良机”一样，从此树就了一位旷世奇才和一代大师。
多年以后，南怀瑾在说起这段经历时都一言带过，而对于做学问一事，只说“著书都为稻粮谋”。南怀瑾曾经说过：看了几十年的人生，得意忘形者有之、而失意忘形者更甚之。确实一个人假如没有真正的“修养”境界，是很难做到荣辱不惊的。张尚德老师在谈及南怀瑾这段最困迫的时期时，大为感叹：根本看不出南怀瑾很穷，那满面的春风；好像整个世界都是他的一样，富有的很！
在《楞严大义今释》的序言里，说道：“在这个大时代里，一切都在变，变动之中，自然乱象纷陈。变乱使凡百俱废，因之，事事都须从头整理。专就文化而言，整理固有文化，以配合新时代的要求，实在是一件很重要的事情。那是任重而道远的，要能耐得凄凉，甘于寂寞，在默默无闻中，散播无形的种子”。什么是大菩萨？大菩萨无疑就是牺牲自己的全部，来成就众生的觉悟。南怀瑾说“世间一切学问，大至宇宙，细至无间，都是为了解决身心性命的问题。
也就是说:都是为了研究人生。离开人生、身心性命的研讨，便不会有其他学问的存在”。对于有人说《楞严经》是伪经的说法，南怀瑾就实凭据的予以反驳，令清者自清、浊者自浊。
南怀瑾的慈悲和愿力更体现在下面这段话：“生在这个时代里，个人的遭遇，和世事的动乱，真是瞬息万变，往往使人茫然不知所之。整个世界和全体人类，都在惶惶不可终日的夹缝里生活着。无论是科学、哲学和宗教，都在寻求人生的真理，都想求得智慧的解脱。这本书译成于拂逆困穷的艰苦岁月中，如果读者由此而悟得真实智慧解脱的真理，使这个颠倒梦幻似的人生世界，能升华到恬静安乐的真善美之领域，就是我所馨香祷祝的了”。
《楞伽经》里的精辟之言在于一句话：“凡一切想皆属妄想”。南怀瑾在《楞伽大义今释》里说：“楞伽经，它在全部佛法与佛学中，无论思想、理论或修证方法，显见都是一部很主要的宝典。中国研究法相唯识的学者，把它列为五经十一论的重心，凡有志唯识学者，必须要熟悉深知。但注重性宗的学者，也势所必读，尤其标榜传佛心印、不立文字的禅宗，自达摩大师东来传法的初期，同时即交付楞伽经印心，所以无论研究佛学教理，或真求修证的人，对于楞伽经若不作深入的探讨，是很遗憾的事”。大凡学佛的人都比较喜欢打坐、念咒子或者佛号，殊不知理若不明，差之毫厘谬以千里的道理。所以禅门有句话：只贵子见地、不贵子行履。更可惜的是因不懂《唯识》学而蹉跎岁月、浪费生命的。
独肩《禅海蠡测》勾起千年浮沉，揉碎大地山河纷纭落宿常寂。一九七三年，南公怀瑾再序于台时写到：“时轮劫浊，物欲攫人，举世纷纭，钝置心法，况禅道深邃，克证难期；余以默契宿因，嗜痂个事，觅衣珠于壮岁，虑魔焰之张狂，故不辞饶舌，缀拾斯文。然投滴巨壑，吹毫太虚，沉沉无补时艰，复将廿载。顷者，莘莘学子，惊顾域外之谈禅，攘攘士林，欲振堕绪，再请重铸斯编，冀复燃灯暗室；固知旧铅新椠，尽同梦里尘劳。唼响撩虚，等是狂思玄辩，禅非言说，旨绝文词，拈花微笑，能仁已自多余，渡海传衣，少室徒添渗漏，五家七派，无非自碎家珍，万别千差，透澈何劳竖指，斯编之作，为无为，何有于我哉?”正如南公怀瑾所言，真悟了“道”哪里还有这个那个、那个这个等闲家具？当众盲摸象、殊途同归之时自然就是“旨绝文词，拈花微笑”而已矣。
佛法的目的是：让普罗大众能够认识自己的“本来面目”，而达到“常乐我净”的游戏三昧境界；佛法的基础是：建立在三世因果、六道轮回之上；而实现佛法的宗旨是：诸恶莫作、众善奉行。 南怀瑾花了一辈子的时间，通过对儒、释、道三家学问的演绎和归纳，最终的目的无非是告诉人们：东方有圣人，西方也有圣人，此心同此理亦同的道理。而从“平凡”到“高贵”并不存在边际问题，所谓“百尺竿头更进一步”，还是要回到平地上来，总不能悬空挂着。因此做到了“大平凡”就是“最高贵”；南怀瑾临终的这一示现，就说明了这一道理。而所谓的“凡夫”恰恰是不甘于平凡者的代名词。人类对于真理的诉求从来没有缺少过热忱，只是当时代的脚步，不得不再次让人们重新审视自己的行为时，才发现我们离真理（大平凡）相去已经甚远。当我们甚至已经没有智慧，去发现自己的错误和改正错误的能力时，那将是整个人类的灾难。
南怀瑾这一辈子，从玩索而有成者到马不撤蹄的为法而忘躯至圆寂，真正实践到从“平凡”到“高贵”的最好人生“答卷”。
南怀瑾对人生阐述就是“佛为心，道为骨，儒为表，大度看世界；技在手，能在身，思在脑，从容过生活”。
在台湾则多由佛道入门（大多数为佛教众），佛教学方面如《金刚经说什么》《圆觉经略说》《如何修证佛法》《药师经的济世观》，可以说南怀瑾是密教准提法在台湾香港的重要推动力。
在中国大陆有多数的民众由西方哲学转入东方文化，其中广为流传的代表作品如《论语别裁》《孟子旁通》《原本大学微言》《易经杂说》。其中刊正了许多以往对传统文化的误解。
在道家方面，南怀瑾的书籍在命理及中医学亦扮演不可缺的首阶，如《老子他说》《庄子Q哗》《道家密宗与东方神秘学》等。
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