以下为牧神记的历史设定，严重涉及剧透。
过去宇宙
宇宙已经经历了十六次生生灭灭，宇宙树连接着十六个时代，过去的强者想要降临到现在的宇宙。
太古鸿蒙
在古老的岁月里，有生灵因拾到了太初神石而聚拢在一起形成一个种族，自称造物主，他们天生神识强大，可虚空造物，建立了一个文明，居余氏成为造物主的太帝，掌控天下。
但后来古神天帝出生，古神四帝出世，再后来诸古神诞生，古神们在古神天帝的带领下联合起来，毁灭了造物主一族，成为了宇宙的主宰。
一些古神为了探索摆脱天地大道束缚，尝试过转世，也有的去生儿育女，形成了半神种族。这个时期还诞生了如大黑天这样的幽都第一位魔神。
而后的一部分历史曾被汇编成这样的儿歌：三分霄龙汉，赤明分两段！南北上皇立，开皇一代传！
龙汉时代
龙汉初年，古神认为后天生灵和半神越来越多，须得有章法来限制这些生灵，免得天天杀来杀去。于是推举古神太初为天帝，成立天庭。
天庭成立时，邀请诸多种族的首脑，御天尊举办了瑶池盛会，他开创了天宫成神之法，却因此被杀害，而后由牧天尊、昊天尊代他传播成神法，而后天盟成立。半神、后天生灵开始飞速发展，然而古神却进步艰难。
古神天帝对后天生灵与半神颇为忌惮，于是便挑起了很多争端，消耗他们的力量，他甚至默许半神和人族各自建立一个小天庭，看着他们杀来杀去。
云天尊建立了霄汉天庭，成为云天帝；昊天尊建立了龙霄天庭，成为了昊天帝。
元姆夫人假死脱身，伪装成绝无尘勾引天帝，和云天尊等人联手一同将天帝杀害，随后他们侵占了天帝的肉身，使得龙汉天庭的帝座上，坐着的那个天帝已经不是真正的天帝，后来霄汉天庭被灭了，龙霄天庭也没有存在多久，便步了霄汉天庭的后尘。再到后来古老的天庭越升越高，远离了大战之后变成大墟的元都。
某种意义上，龙汉时代一直未曾结束。
赤明时代
赤皇自元都的废墟中崛起，建立了赤皇时代，后来赤皇失踪，天下便陷入了混乱，群雄逐鹿，有神魔窃取帝位，建立伪朝。
最后，赤皇的后人中有一位天资绝代的强者将伪朝击垮，重建神朝，被称作明皇。赤皇所在的时代被称作西皇，而明皇在位期间则被称作东皇时代，东赤明和西赤明，都是赤明时代。
赤明时代的文明，基本上都是建立在三头六臂的基础之上，有大约十万年的历史，被域外天庭所灭。
上皇时代
上皇时代，是由地母元君所引起。地母元君栽培自己的子嗣，扶持他们开辟了上皇时代，建立上皇天
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